scRNA-seqとTCRレパトア解析を統合し､個々のT細胞について遺伝子発現情報とcloneの再構成に必要なTCRα/βペアの配列を同時に解析できます。各クローンの性質と頻度に基づき、TCR遺伝子療法などに有望なクローンの絞り込みが可能です。
* TCRレパトア解析については、TCRレパトア解析のページもご参考とされてください。ここではTCRレパトア解析をシングルセルレベルで実施します。
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シングルセルRNA-seqは、whole transcriptome amplification (WTA)もしくは、BD社Immune Response Panelを用いたターゲットシーケンシングからご選択いただけます。
＊ターゲットシーケンシングはオプションでターゲットパネルに含まれていない遺伝子も解析可能です。
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最大2万-3万細胞/解析が可能、マウスおよびヒト生体由来TCRα/βのペアリング効率は20%-80%程度（細胞の活性化状態に依存）です。
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BD社Abseq、BioLegend社TotalSeqなどを用いたタンパク質との同時解析も可能です
TAS-Seq2はBD社WTA kitと比較して､約3倍の遺伝子を検出
TAS-Seq2はBD社WTA kitと比較してT細胞受容体ペアリング率が高い
B16F10皮下移植腫瘍マウスモデルにおける､anti-PD-L1処置時の腫瘍浸潤CD8⁺T細胞の解析例 (WTA)
約50,000 reads/cell
代表的なCD8+ T細胞マーカー遺伝子の発現パターン
BD WTA
TAS-Seq2で同定されたクラスター
0: terminally exhausted, 1: effector, 2: proliferated, 3: exhausted progenitor-1, 4: exhausted progenitor-2, 5: naïve-like, 6: stem-like, 7: dying cell
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TAS-Seq2は､BD社WTA kitでは同定困難なCD8+T細胞サブセットを同定できる
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TAS-Seq2では､CD8+ T細胞の機能制御に関わる遺伝子を､よりdrop-out率が低く明瞭に検出できる
逆転写
5'末端へのへのPolyA付加
セルフハイブリダイゼーション･伸長
TCR遺伝子増幅
TCR a/bライブラリー
事前確認事項
* マルチプレックス解析をご希望の際は、FAQページの『マルチプレックス解析について』をご参照ください。
ご依頼方法
サンプルの受け入れ
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当社指定プロトコルにて合成頂いたcDNA (IGT社でcDNA増幅以降を受託）
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分画済み凍結T細胞検体（IGT社でcDNA合成以降を受託）
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未分画凍結細胞検体（IGT社でT細胞の調製以降を受託)
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凍結保存組織検体（IGT社で細胞懸濁液調製以降を受託)
* 細胞や組織を凍結保存頂く際は、当社指定の保存液、凍結方法をご使用下さい
サンプル送付方法
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サンプルは乾燥･液漏れが無いようご注意いただき､下記発送先までご送付ください （平日17時到着まで対応可能）
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凍結組織、凍結細胞を発送の場合は凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください
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発送先は『サンプル送付先』をご参照ください。
* *遠隔地を除き翌日午前必着（土日･祝日を除く）でご送付ください
サンプル送付先
〒277-0882
千葉県柏市柏の葉6丁目6番2号
三井リンクラボ柏の葉１ 304号室
TEL：04-7192-8732
イムノジェネテクス株式会社
納期
サンプル受領から
2.5ヶ月程度
納品物
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作業報告書
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シーケンスデータ一式
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マッピング結果ファイル 等
scTCR-seq (WTA)
参考価格
1
20,000
2
20,000
4
8
5,000
マウス腫瘍浸潤T細胞の解析例
腫瘍浸潤T細胞 (14,100 細胞) を10個のクラスターに分類し､次元圧縮により可視化しました｡その後､TCRを共有するクローンを定義し､各クローンの性質を評価しました｡データはシングルセルRNA-seqデータとシングルセルTCRレパトア解析データより構成されます｡
実際の報告書もこのスタイルになります
Authors：Hiroyasu Aoki, Masahiro Kitabatake, Haruka Abe, Peng Xu, Mikiya Tsunoda, Shigeyuki Shichino, Atsushi Hara, Noriko Ouji-Sageshima, Chihiro Motozono, Toshihiro Ito, Kouji Matsushima, and Satoshi Ueha
Journal, 掲載日：Cell Reports, 2024年3月8日
