シングルセルTCRレパトア解析

Single Cell
TCRレパトア解析

シングルセルTCRレパトア解析とは

Single Cell
TCRレパトア解析とは

scRNA-seqとTCRレパトア解析を統合し、個々のT細胞について遺伝子発現情報とcloneの再構成に必要なTCRα/βペアの配列を同時に解析できます。各クローンの性質と頻度に基づき、TCR遺伝子療法などに有望なクローンの絞り込みが可能です。

* TCRレパトア解析については、TCRレパトア解析のページもご参考とされてください。ここではTCRレパトア解析をシングルセルレベルで実施します。

ImmunoGeneTeqs社

シングルセルTCRレパトア解析の特徴

ImmunoGeneTeqs社

シングルセルTCRレパトア解析の特徴

この解析で実施されるシングルセルRNA-seqは、BD社Immune Response Panelを用いたターゲットシーケンシングです。オプションで制御性T細胞、疲弊T細胞などに関わる遺伝子の追加も可能です。

最大2万-3万細胞/解析が可能、マウスおよびヒト生体由来TCRα/βのペアリング効率は20%-80%程度(細胞の活性化状態に依存)です。

BD社Abseq、BioLegend社TotalSeqなどを用いたタンパク質との同時解析も可能です

scTCRレパトア解析ワークフロー

scTCRレパトア解析
ワークフロー

逆転写

5'末端へのへのPolyA付加


セルフハイブリダイゼーション・伸長


TCR遺伝子増幅


TCR a/bライブラリー

事前確認事項

* マルチプレックス解析をご希望の際は、FAQページの『マルチプレックス解析について』をご参照ください。

サンプルの受け入れ

当社指定プロトコルにて合成頂いたcDNA (IGT社でcDNA増幅以降を受託)

分画済み凍結T細胞検体(IGT社でcDNA合成以降を受託)

未分画凍結細胞検体(IGT社でT細胞の調製以降を受託)

凍結保存組織検体(IGT社で細胞懸濁液調製以降を受託)

* 細胞や組織を凍結保存頂く際は、当社指定の保存液、凍結方法をご使用下さい

サンプル送付方法

サンプルは乾燥・液漏れが無いようご注意いただき、下記発送先までご送付ください (平日17時到着まで対応可能)

Rhapsodyにより調製済みのcDNAを発送する場合は、冷蔵便にてご発送ください

* 遠隔地を除き翌日必着でご送付ください

サンプル送付先

〒278-0022
千葉県野田市山崎2669
東京理科大学野田キャンパス17号館1階

イムノジェネテクス株式会社

納期

サンプル受領から

2.5ヶ月程度

納品物

作業報告書

シーケンスデータ一式

マッピング結果ファイル 等

正式な報告書は、納品時にHDDに入れて納品させていただきます

正式な報告書にはマッピング解析レポートをお付けします

報告書の例として、マウス腫瘍浸潤T細胞の解析例でご覧いただけます

参考価格

サンプル数

サンプル数

解析細胞数/サンプル

解析細胞数/サンプル

価格 (税込)

価格 (税込)

シングル

シングル

1

10,000

10,000

¥1,042,800

¥1,042,800

5,000

5,000

¥997,700

¥997,700

マルチプレックス

マルチプレックス

2

10,000

10,000

¥1,480,600

¥1,480,600

5,000

5,000

¥1,342,000

¥1,342,000

3

6,600

6,600

¥1,778,700

¥1,778,700

4

5,000

5,000

¥1,782,000

¥1,782,000

解析事例

解析事例

解析事例

マウス腫瘍浸潤T細胞の解析例

腫瘍浸潤T細胞 (14,100 細胞) を10個のクラスターに分類し、次元圧縮により可視化しました。その後、TCRを共有するクローンを定義し、各クローンの性質を評価しました

実際の報告書もこのスタイルになります

シングルセルTCRレパトア解析
解析概要ヒアリングフォーム

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解析概要ヒアリングフォーム

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