シングルセルTCRレパトア解析

Single Cell
TCRレパトア解析

シングルセルTCRレパトア解析

シングルセルTCRレパトア解析とは

Single Cell
TCRレパトア解析とは

scRNA-seqとTCRレパトア解析を統合し、個々のT細胞について遺伝子発現情報とcloneの再構成に必要なTCRα/βペアの配列を同時に解析できます。各クローンの性質と頻度に基づき、TCR遺伝子療法などに有望なクローンの絞り込みが可能です。

* TCRレパトア解析については、TCRレパトア解析のページもご参考とされてください。ここではTCRレパトア解析をシングルセルレベルで実施します。

ImmunoGeneTeqs社

シングルセルTCRレパトア解析の特徴

ImmunoGeneTeqs社

シングルセルTCRレパトア解析の特徴

シングルセルRNA-seqは、whole transcriptome amplification (WTA)もしくは、BD社Immune Response Panelを用いたターゲットシーケンシングからご選択いただけます。

*ターゲットシーケンシングはオプションでターゲットパネルに含まれていない遺伝子も解析可能です。

最大2万-3万細胞/解析が可能、マウスおよびヒト生体由来TCRα/βのペアリング効率は20%-80%程度(細胞の活性化状態に依存)です。

BD社Abseq、BioLegend社TotalSeqなどを用いたタンパク質との同時解析も可能です

TAS-Seq2はBD社WTA kitと比較して、約3倍の遺伝子を検出

TAS-Seq2はBD社WTA kitと比較してT細胞受容体ペアリング率が高い

sample

sample

TCR alpha total reads

TCR alpha total reads

TCR beta total reads

TCR beta total reads

TCR detected cells

TCR detected cells

TCR paired cell

TCR paired cell

TCR pairing rate

TCR pairing rate

BD WTA

BD WTA

12,955,106

12,955,106

9,457,677

9,457,677

1,076

1,076

613

613

57.0%

57.0%

TAS-Seq2

TAS-Seq2

12,569,275

12,569,275

12,890,758

12,890,758

1,156

1,156

1,005

1,005

86.9%

86.9%

B16F10皮下移植腫瘍マウスモデルにおける、anti-PD-L1処置時の腫瘍浸潤CD8⁺T細胞の解析例 (WTA)

約50,000 reads/cell

代表的なCD8+ T細胞マーカー遺伝子の発現パターン

BD WTA

TAS-Seq2

TAS-Seq2

TAS-Seq2で同定されたクラスター

0: terminally exhausted, 1: effector, 2: proliferated, 3: exhausted progenitor-1, 4: exhausted progenitor-2, 5: naïve-like, 6: stem-like, 7: dying cell

TAS-Seq2は、BD社WTA kitでは同定困難なCD8+T細胞サブセットを同定できる

TAS-Seq2では、CD8+ T細胞の機能制御に関わる遺伝子を、よりdrop-out率が低く明瞭に検出できる

scTCRレパトア解析ワークフロー

scTCRレパトア解析
ワークフロー

逆転写

5'末端へのへのPolyA付加


セルフハイブリダイゼーション・伸長


TCR遺伝子増幅


TCR a/bライブラリー

事前確認事項

* マルチプレックス解析をご希望の際は、FAQページの『マルチプレックス解析について』をご参照ください。

サンプルの受け入れ

当社指定プロトコルにて合成頂いたcDNA (IGT社でcDNA増幅以降を受託)

分画済み凍結T細胞検体(IGT社でcDNA合成以降を受託)

未分画凍結細胞検体(IGT社でT細胞の調製以降を受託)

凍結保存組織検体(IGT社で細胞懸濁液調製以降を受託)

* 細胞や組織を凍結保存頂く際は、当社指定の保存液、凍結方法をご使用下さい

サンプル送付方法

サンプルは乾燥・液漏れが無いようご注意いただき、下記発送先までご送付ください (平日17時到着まで対応可能)

凍結組織、凍結細胞を発送の場合は凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください

発送先は『サンプル送付先』をご参照ください。

* *遠隔地を除き翌日午前必着(土日・祝日を除く)でご送付ください

サンプル送付先

〒278-0022
千葉県野田市山崎2669
東京理科大学野田キャンパス17号館1階

イムノジェネテクス株式会社

納期

サンプル受領から

2.5ヶ月程度

納品物

作業報告書

シーケンスデータ一式

マッピング結果ファイル 等

正式な報告書は、納品時にHDDに入れて納品させていただきます

正式な報告書にはマッピング解析レポートをお付けします

報告書の例として、マウス腫瘍浸潤T細胞の解析例でご覧いただけます

scTCR-seq (WTA)

参考価格

サンプル数

サンプル数

解析細胞数/サンプル

解析細胞数/サンプル

価格 (税込)

価格 (税込)

シングル

シングル

1

10,000

10,000

¥1,265,000 

¥1,265,000 

マルチプレックス

マルチプレックス

2

10,000

10,000

¥1,760,000 

¥1,760,000 

3

10,000 

10,000 

¥1,925,000 

¥1,925,000 

4

7,500 

7,500 

¥2,090,000 

¥2,090,000 

scTCR-seq(targeted RNA-seq)

参考価格

サンプル数

サンプル数

解析細胞数/サンプル

解析細胞数/サンプル

価格 (税込)

価格 (税込)

シングル

シングル

1

10,000

10,000

¥990,000  

¥990,000  

マルチプレックス

マルチプレックス

2

10,000

10,000

¥1,485,000 

¥1,485,000 

3

10,000 

10,000 

¥1,650,000  

¥1,650,000  

4

7,500 

7,500 

¥1,815,000  

¥1,815,000  

解析事例

解析事例

解析事例

マウス腫瘍浸潤T細胞の解析例

腫瘍浸潤T細胞 (14,100 細胞) を10個のクラスターに分類し、次元圧縮により可視化しました。その後、TCRを共有するクローンを定義し、各クローンの性質を評価しました。データはシングルセルRNA-seqデータとシングルセルTCRレパトア解析データより構成されます。

実際の報告書もこのスタイルになります

シングルセルTCRレパトア解析
解析概要ヒアリングフォーム

シングルセルTCRレパトア解析
解析概要ヒアリングフォーム

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